В соответствии с НК РФ обособленные подразделения могут от своего имени выставлять счета-фактуры, но представлять отчетность обязана головная организация. Для автоматической отработки запросов налогового органа пользователям, имеющим обособленные подразделения, рекомендуется вести учет и сдавать отчетность в программах:
"1С:Бухгалтерия 8 КОРП",
"1С:Управление производственным предприятием 8",
"1С:ERP Управление предприятием 2.0"
"1С:Управление холдингом 8".
В перечисленных решениях поддерживается бухгалтерский учет обособленных подразделений.
Для формирования декларации по НДС организации, в составе которой имеются обособленные подразделения, важно, чтобы в одной базе были учетные данные и по головной организации, и по обособленным подразделениям. Таким образом, учет головной организации и обособленных подразделений необходимо вести в одной базе, либо использовать распределенную информационную базу (РИБ). Ведение учета в одной программе также позволяет автоматизировать формирование корректного ответа на уточняющий запрос налогового органа по строкам декларации.
1 апреля 2015 года в составе "1С:Бухгалтерии 8 КОРП" появился функционал, который позволит объединять декларации, сформированные обособленными подразделениями, которые ведут учет в разных информационных базах.
Аналогичная функциональность реализована в следующих конфигурациях:
"1С:ERP Управление предприятием 2.0";
"1С:Бухгалтерия государственного учреждения 8", ред. 2.0.
Пользователям остальных конфигураций для объединения отчетности рекомендуется использовать "1С:Налогоплательщик 8".